IBM JE PROŠLOG ČETVRTKA OBJAVIO da će zajedno s kompanijom Roche, proizvođačem medicinskih uređaja, napraviti jeftin uređaj koji može da čita ljudske genome.
Mada će do komercijalizacije te tehnologije proći možda deset i više godina, kad bude osvojena omogućiće svakom lekaru da jeftino i brzo ispita pacijentov genom, rekao je Ađaj Rojuru, stariji direktor za kompjuterizovanu biologiju u istraživačkom ogranku IBM-a (IBM Research). „Cena sekvenciranja ljudskog genoma pada, a brzina počinje da se povećava, mada još uvek postoje problemi ne samo u pogledu brzine i cene već i obima sekvenciranja.“
U ovom dugoročnom projektu koristiće se IBM-ov DNK tranzistor zapravo nanopora, veoma malen otvor kroz koji može da se provuče lanac DNK. Ideja da nanopora identifikuje svaku bazu DNK koristeći električno polje kojim upravlja njenim prolaskom kroz poru nastala je još 2006. zahvaljujući slučajnom susretu sistemskog biologa Gustava Stolovickog i hardveraša Stanislava Polonskog u jednom od dugačkih holova IBM-ovog istraživačkog centra T.J. Watson u predgrađu Njujorka.
Pošto se nanopore kao slojevite strukture metala i dielektrika delimično prave od silicijuma, mogle bi se masovno proizvoditi istim litografskim tehnikama kakve se koriste za izradu mikroprocesora, što bi troškove zadržalo na niskom nivou, kaže Rojuru, šef pomenutoj dvojici istraživača.
Iako su i drugi istraživači ispitivali mogućnost korišćenja nanopora ispostavilo se da njihova rešenja nisu mogla tačno da očitavaju DNK, jer bi ona prebrzo prolazila kroz njih.
„To je kao kad srčete špagete. Kad DNK počne da se kreće kroz nanoporu to ide vrlo brzo. Videli smo da za 10 ili 20 mikrosekundi kroz nju prođe čak 48.000 baza DNK. Pri toj brzini mala je šansa da ćete sve tačno pročitati“, kaže Rojuru.
Da bi se ta brzina usporila, IBM je na nanoporu dodao električnu kontrolu kojom reguliše protok i svodi ga na potrebnu brzinu. Zahvaljujući tome kretanje DNK kroz poru može da se kontroliše vrlo precizno tako da su IBM-ovi istraživači u stanju da propuštaju bazu po bazu.
Mada su se prve tehnologije za sekvenciranje DNK pojavile još sedamdesetih godina prošlog veka, ceo ljudski genom je očitan tek 2001, pre svega zahvaljujući automatizaciji koja je neophodna da bi se dekodirao ogroman broj baznih parova nukleotida koje sadži – DNK čoveka ima ih preko tri milijarde.
Tehnologija sekvenciranja DNK u međuvremenu je unapređena, ali očitavanje kompletnog ljudskog genoma još uvek košta nekoliko stotina hiljada dolara. Rojuru procenjuje da će IBM-ov uređaj kad bude gotov omogućiti da se ceo taj posao obavi za manje od hiljadu dolara, ali nije želeo da kaže kad će biti komercijalno dostupan, jer svaka radikalno nova tehnologija mora da prođe veliki broj koraka pre nego što se uvede u proizvodnju. Njegova procena je da će samo za okončanje istraživanja biti potrebno 5–10 godina.
Rocheov ogranak za sekvenciranje, 454 Life Sciences, biće zadužen da izbaci na tržište proizvode koji nastanu kao posledica partnerske saradnje s IBM-om. IBM će u tu saradnju uneti svoje znanje iz elektronike i upravljanja podacima, a Roche će joj doprineti znanjem iz medicinske dijagnostike i sekvenciranja genoma.
Očitavanje genetskog koda pojedinca doneće višestruke medicinske koristi. Pre svega će lekarima omogućiti da personalizuju zdravstvenu negu, jer mnogi lekovi na jedne ljude deluju a na druge ne. Pored toga, očitan genom omogućava da se otkrije da li je pacijent podložan određenim bolestima. Možda će čak moći da se odredi i koliko bi neko mogao da živi, jer su prošle nedelje istraživači sa Bostonskog univerziteta objavili da su pronašli nekakve genetske markere koji ukazuju upravo na tu mogućnost. (M.V.)
Izvor: www.mikro.rs
Mada će do komercijalizacije te tehnologije proći možda deset i više godina, kad bude osvojena omogućiće svakom lekaru da jeftino i brzo ispita pacijentov genom, rekao je Ađaj Rojuru, stariji direktor za kompjuterizovanu biologiju u istraživačkom ogranku IBM-a (IBM Research). „Cena sekvenciranja ljudskog genoma pada, a brzina počinje da se povećava, mada još uvek postoje problemi ne samo u pogledu brzine i cene već i obima sekvenciranja.“
U ovom dugoročnom projektu koristiće se IBM-ov DNK tranzistor zapravo nanopora, veoma malen otvor kroz koji može da se provuče lanac DNK. Ideja da nanopora identifikuje svaku bazu DNK koristeći električno polje kojim upravlja njenim prolaskom kroz poru nastala je još 2006. zahvaljujući slučajnom susretu sistemskog biologa Gustava Stolovickog i hardveraša Stanislava Polonskog u jednom od dugačkih holova IBM-ovog istraživačkog centra T.J. Watson u predgrađu Njujorka.
Pošto se nanopore kao slojevite strukture metala i dielektrika delimično prave od silicijuma, mogle bi se masovno proizvoditi istim litografskim tehnikama kakve se koriste za izradu mikroprocesora, što bi troškove zadržalo na niskom nivou, kaže Rojuru, šef pomenutoj dvojici istraživača.
Iako su i drugi istraživači ispitivali mogućnost korišćenja nanopora ispostavilo se da njihova rešenja nisu mogla tačno da očitavaju DNK, jer bi ona prebrzo prolazila kroz njih.
„To je kao kad srčete špagete. Kad DNK počne da se kreće kroz nanoporu to ide vrlo brzo. Videli smo da za 10 ili 20 mikrosekundi kroz nju prođe čak 48.000 baza DNK. Pri toj brzini mala je šansa da ćete sve tačno pročitati“, kaže Rojuru.
Da bi se ta brzina usporila, IBM je na nanoporu dodao električnu kontrolu kojom reguliše protok i svodi ga na potrebnu brzinu. Zahvaljujući tome kretanje DNK kroz poru može da se kontroliše vrlo precizno tako da su IBM-ovi istraživači u stanju da propuštaju bazu po bazu.
Mada su se prve tehnologije za sekvenciranje DNK pojavile još sedamdesetih godina prošlog veka, ceo ljudski genom je očitan tek 2001, pre svega zahvaljujući automatizaciji koja je neophodna da bi se dekodirao ogroman broj baznih parova nukleotida koje sadži – DNK čoveka ima ih preko tri milijarde.
Tehnologija sekvenciranja DNK u međuvremenu je unapređena, ali očitavanje kompletnog ljudskog genoma još uvek košta nekoliko stotina hiljada dolara. Rojuru procenjuje da će IBM-ov uređaj kad bude gotov omogućiti da se ceo taj posao obavi za manje od hiljadu dolara, ali nije želeo da kaže kad će biti komercijalno dostupan, jer svaka radikalno nova tehnologija mora da prođe veliki broj koraka pre nego što se uvede u proizvodnju. Njegova procena je da će samo za okončanje istraživanja biti potrebno 5–10 godina.
Rocheov ogranak za sekvenciranje, 454 Life Sciences, biće zadužen da izbaci na tržište proizvode koji nastanu kao posledica partnerske saradnje s IBM-om. IBM će u tu saradnju uneti svoje znanje iz elektronike i upravljanja podacima, a Roche će joj doprineti znanjem iz medicinske dijagnostike i sekvenciranja genoma.
Očitavanje genetskog koda pojedinca doneće višestruke medicinske koristi. Pre svega će lekarima omogućiti da personalizuju zdravstvenu negu, jer mnogi lekovi na jedne ljude deluju a na druge ne. Pored toga, očitan genom omogućava da se otkrije da li je pacijent podložan određenim bolestima. Možda će čak moći da se odredi i koliko bi neko mogao da živi, jer su prošle nedelje istraživači sa Bostonskog univerziteta objavili da su pronašli nekakve genetske markere koji ukazuju upravo na tu mogućnost. (M.V.)
Izvor: www.mikro.rs
Postavi komentar
Vaš komentar: